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SOMATICA
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此软件包适用于生物导体的3.2版；对于稳定的最新版本，请参阅SOMATICA。
SOMATIC：识别，表征和量化癌症基因组测序中的躯体拷贝数像差
生物导体版本：3.2
Somatica是一个软件套件，能够从癌症基因组测序中识别，表征和量化体细胞CNA。首先，它使用读取的深度和较小的等位基因频率（LAF），从映射的短序列读取以细分基因组并识别候选CNA。其次，Somatica通过贝叶斯有限的混合模型估算了肿瘤正常对的相对拷贝数轮廓的混合速率。第三，Somatica量化了每个基因组段的绝对体细胞拷贝数和亚克隆性，以指导其表征。SOMATIC的结果可以与单核苷酸变化（SNV）进一步整合，以更好地了解肿瘤的演化。
作者：Mengjie Chen
维护者：Mengjie Chen
引用（从r内，输入引用（“ somatica”））：
安装
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文档
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Browsevignettes（“ Somatica”）
| Somatica Vignette | ||
| somaticauserguide.pdf | ||
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 2.1.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.12（R-3.0）（3年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 2.14.0），拉斯，，，，DNACOPIGY，，，，foreach， 方法，rebmix，，，，基因组机，，，，iranges，，，，多帕尔，，，，mvtnorm |
| 进口 | foreach，，，，拉斯，，，，sn，，，，DNACOPIGY， 方法，rebmix，，，，基因组机，，，，iranges |
| 链接 | |
| 建议 | |
| 系统要求 | |
| 增强 | sn，，，，somaticadata |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | somatica_2.1.0.tar.gz |
| Windows二进制 | somatica_2.1.0.zip |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | somatica_1.14.0.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | somatica_2.1.0.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/somatica/tree/release-3.2 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/somatica/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
