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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead。

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:3.2

这个方案实现了采样、迭代和FASTQ文件的输入。军售计划包括函数过滤和削减读取,并生成一个质量评估报告。数据被表示为DNAStringSet-derived对象,很容易操纵的多样性的目的。包还包含遗留支持早期的单头,ungapped对齐格式。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.11.3),BiocParallel,Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4),GenomicAlignments(> = 1.5.4)
进口	Biobase,S4Vectors(> =是0.7.1),IRanges(> = 2.3.7),GenomeInfoDb(> = 1.1.19),GenomicRanges(> = 1.21.6),hwriter、方法、zlibbioc,晶格,latticeExtra
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	BiocStyle,RUnit,biomaRt,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	chipseq,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,girafe,HTSeqGenie,诊断,OTUbase,Rolexa,Rqc,rSFFreader,segmentSeq,systemPipeR
进口我	ArrayExpressHTS,击败,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,easyRNASeq,哥特,电离,metagenomeFeatures,QuasR,R453Plus1Toolbox,Rolexa,RSVSim
建议我	BiocParallel,CSAR,DBChIP,GenomicAlignments,Genominator,HiCDataLymphoblast,图片,平,Repitools,RnaSeqTutorial,Rsamtools,yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ShortRead_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ShortRead_1.28.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	ShortRead_1.28.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/shortread/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
包下载报告	下载数据