安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ShortRead”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

ShortRead

这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ShortRead

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:3.2

这个方案实现了采样、迭代和FASTQ文件的输入。军售计划包括函数过滤和削减读取,并生成一个质量评估报告。数据被表示为DNAStringSet-derived对象,很容易操纵的多样性的目的。包还包含遗留支持早期的单头,ungapped对齐格式。

作者:马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯,西蒙安德斯

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“ShortRead”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ShortRead”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ShortRead”)

PDF 介绍ShortRead
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,质量控制,测序,软件
版本 1.28.0
Bioconductor自 BioC 2.3 (r - 2.8)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenerics(> = 0.11.3),BiocParallel,Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4),GenomicAlignments(> = 1.5.4)
进口 Biobase,S4Vectors(> =是0.7.1),IRanges(> = 2.3.7),GenomeInfoDb(> = 1.1.19),GenomicRanges(> = 1.21.6),hwriter、方法、zlibbioc,晶格,latticeExtra
链接 S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议 BiocStyle,RUnit,biomaRt,GenomicFeatures,yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 chipseq,EatonEtAlChIPseq,EDASeq,girafe,HTSeqGenie,诊断,OTUbase,Rolexa,Rqc,rSFFreader,segmentSeq,systemPipeR
进口我 ArrayExpressHTS,击败,chipseq,ChIPseqR,ChIPsim,easyRNASeq,哥特,电离,metagenomeFeatures,QuasR,R453Plus1Toolbox,Rolexa,RSVSim
建议我 BiocParallel,CSAR,DBChIP,GenomicAlignments,Genominator,HiCDataLymphoblast,图片,,Repitools,RnaSeqTutorial,Rsamtools,yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 ShortRead_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 ShortRead_1.28.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) ShortRead_1.28.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛) ShortRead_1.28.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/shortread/tree/release - 3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
包下载报告 下载数据

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支持»

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网
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