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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPhood．

SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域

Bioconductor版本:3.2

迄今为止，数千个单核苷酸多态性(SNPs)已被发现与复杂的性状和疾病相关。然而，这些与疾病相关的snp绝大多数位于基因组的非编码部分，并且可能影响调控元件，如增强子和启动子，而不是蛋白质的功能。因此，为了了解遗传性状和疾病背后的分子机制，研究SNP对附近分子性状(如染色质环境或转录因子(TF)结合)的影响变得越来越重要。为了实现这一目标，我们开发了SNPhood，一个用户友好的*Bioconductor* R包，用于调查和可视化一组感兴趣的SNPs的局部邻域，用于NGS数据，如来自ChIP-Seq或RNA-Seq实验的染色质标记或转录因子结合位点。SNPhood包含一组易于使用的函数，用于提取、规范化和汇总基因组区域的读取，执行各种数据质量检查，使用额外的输入文件规范化读取计数，以及根据绑定模式对区域进行聚类和可视化。每个SNP周围的区域可以以用户定义的方式进行分类，以便分析非常广泛的模式以及详细调查特定的绑定形状。此外，SNPhood支持与基因型信息的集成，以研究和可视化基因型特异性结合模式。最后，SNPhood可以用于确定、研究和可视化感兴趣的SNPs周围的等位基因特异性结合模式。

作者:Christian Arnold [aut, cre]， Pooja Bhat [aut]， Judith Zaugg [aut]

维护者:Christian Arnold < Christian。Arnold在embl.de>

安装

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文档

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超文本标记语言	R脚本	介绍和方法细节
超文本标记语言	R脚本	工作流示例
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文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	1.0.7
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(0.5年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.2)，GenomicRanges，Rsamtools，data.table，使彻底失败
进口	DESeq2，集群，ggplot2，晶格，GenomeInfoDb，BiocParallel，VariantAnnotation，BiocGenerics，IRanges、方法、RColorBrewer，BiostringsgrDevices,gridExtra，统计，网格，utils，图形，reshape2
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，SNPhoodData，corrplot
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	christian.arnold@embl.de
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	SNPhood_1.0.7.tar.gz
Windows二进制	SNPhood_1.0.7.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SNPhood_1.0.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SNPhood_1.0.7.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SNPhood/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPhood/
软件包下载报告	下载数据