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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见SGSeq．

从RNA-seq数据拼接事件预测和量化

Bioconductor版本:3.2

从BAM文件中预测剪接结和外显子，并获得兼容的读计数和fpkm。识别拼接事件，并根据事件边界上的兼容读计数估计拼接变量的相对使用情况。

作者:Leonard Goldstein

维护者:Leonard Goldstein

安装

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文档

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browseVignettes(“SGSeq”)

超文本标记语言		从RNA-seq数据拼接事件预测和量化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，RNASeq，软件，转录
版本	3
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,IRanges，GenomicRanges
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，Biostrings，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，igraph平行,Rsamtools，rtracklayer，RUnit，S4Vectors，SummarizedExperiment(> = 0.2.0)
链接
建议	BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，knitr，rmarkdown，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	SGSeq_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	SGSeq_1.4.3.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SGSeq_1.4.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SGSeq_1.4.3.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SGSeq/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SGSeq/
软件包下载报告	下载数据