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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsamtools．

二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入

Bioconductor版本:3.2

这个包提供了一个接口到'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序(见' license ')，用于操作SAM(序列对齐/映射)，FASTA，二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag\ ' es, Valerie Obenchain, Nathaniel Hayden

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF		Rsamtools的介绍
PDF		使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证
视频		Rsamtools的连环车祸

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	artist -2.0 |文件许可
取决于	方法,S4Vectors(> = 0.7.11),IRanges(> = 2.3.7),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.21.6),XVector(> = 0.9.1),Biostrings(> = 2.37.1)
进口	跑龙套,BiocGenerics(> = 0.1.3),zlibbioc，bitops，BiocParallel
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	GenomicAlignments，ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，KEGG.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，pasillaBamSubset，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
全靠我	ArrayExpressHTS，BitSeq，嵌合体，食典委，CoverageView，exomeCopy，exomePeak，GenomicAlignments，GenomicFiles，ggtut，girafe，吉他，leeBamViews，MEDIPS，methylPipe，MMDiff，oneChannelGUI，podkat，qrqc，r3Cseq，Rcade，ReQON，rfPred，RIPSeeker，rnaSeqMap，ShortRead，SICtools，SNPhood，ssviz，systemPipeR，TarSeqQC，TBX20BamSubset，TEQC，TitanCNA，VariantAnnotation，wavClusteR
进口我	AllelicImbalance，annmap，AnnotationHubData，ArrayExpressHTS，BBCAnalyzer，biovizBase，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，CexoR，ChIPComp，ChIPQC，cn.mops，CNVPanelizer，CNVrd2，compEpiTools，文案，csaw，customProDB，derfinder，DEXSeq，diffHic，DOQTL，easyRNASeq，EDASeq，ensembldb，epigenomix，FourCSeq，FunciSNP，genomation，GenomicAlignments，GenomicInteractions，ggbio，GGtools，gmapR，GoogleGenomics，GreyListChIP，Gviz，gwascat，h5vc，HTSeqGenie，检查，LungCancerLines，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ALL.wgs.phase3.release.v5a.20130502，MafDb.ALL.wgs.phase3.release.v5b.20130502，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137，MafDb.ExAC.r0.3.sites，metagene，诊断，PGA，图片，QDNAseq，QuasR，R453Plus1Toolbox，Rariant，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，Rqc，rtracklayer，SGSeq，similaRpeak，soGGi，SplicingGraphs，tracktables，trackViewer，TransView，VariantFiltering，VariantTools
建议我	AnnotationHub，bamsignals，BaseSpaceR，BiocParallel，biomvRCNS，DiffBind，计，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，gQTLstats，ind1KG，metaseqR，parathyroidSE，RnaSeqTutorial，seqbias，SigFuge，彩带
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	Rsamtools_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Rsamtools_1.22.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	Rsamtools_1.22.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/Rsamtools/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
软件包下载报告	下载数据