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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅林格。

R调查ChIP-chip Oligoarrays

Bioconductor版本:3.2

包林格推动ChIP-chip的主要分析数据。包装的主要功能是数据写入、质量评估、数据可视化和识别基因组区域显示ChIP-chip浓缩。包从罗氏函数处理双色寡核苷酸微阵列用于ChIP-chip项目,但也包含了更一般的函数ChIP-chip数据分析,考虑到数据提供RGList(生)或ExpressionSet(前处理)。的包使用函数从各种其他包Bioconductor项目和提供了额外的ChIP-chip-specific和NimbleGen-specific功能。

作者:Joern Toedling,奥列格•Sklyar Tammo克鲁格,沃尔夫冈·胡贝尔马特•里奇

维护人员:j . Toedling < jtoedling在yahoo.de >

安装

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PDF		罗氏Oligoarrays R调查
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,微阵列,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,Biobase(> = 1.14.1),RColorBrewer,limma,矩阵、网格晶格
进口	BiocGenerics(> = 0.1.11),genefilter,limma,vsn,stats4
链接
建议	rtracklayer(> = 1.3.1),mclust,topGO(> = 1.15.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ccTutorial,SimBindProfiles,斯塔尔
进口我	Repitools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	Ringo_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	Ringo_1.34.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Ringo_1.34.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	Ringo_1.34.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/ringo/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Ringo/
包下载报告	下载数据