要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RareVariantVis”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见RareVariantVis.
Bioconductor版本:3.2
基因组变异可以用许多工具进行分析和可视化。不幸的是,用于全局查询变体的工具数量有限。包装RareVariantVis的目的是呈现基因组变异(特别是罕见的)在一个全球,每条染色体的方式。可视化以两种方式执行——标准的输出png图形和交互式的使用JavaScript d3包。交互式可视化允许分析三人/家庭数据,例如在罕见的孟德尔疾病中寻找致病变异。
作者:Tomasz Stokowy
维护者:Tomasz Stokowy < Tomasz。Stokowy在k2.uib.no>
引文(从R内,输入引用(“RareVariantVis”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RareVariantVis”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RareVariantVis”)
RareVariantVis | ||
参考手册 |
biocViews | GenomicVariation,测序,软件,WholeGenome |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(0.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | BiocGenerics,VariantAnnotation,googleVis |
进口 | S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges |
链接 | |
建议 | knitr,AshkenazimSonChr21 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | RareVariantVis_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | RareVariantVis_1.2.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | RareVariantVis_1.2.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | RareVariantVis_1.2.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/RareVariantVis/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RareVariantVis/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |