要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RareVariantVis”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

RareVariantVis

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见RareVariantVis

全基因组测序数据中罕见变异的可视化

Bioconductor版本:3.2

基因组变异可以用许多工具进行分析和可视化。不幸的是,用于全局查询变体的工具数量有限。包装RareVariantVis的目的是呈现基因组变异(特别是罕见的)在一个全球,每条染色体的方式。可视化以两种方式执行——标准的输出png图形和交互式的使用JavaScript d3包。交互式可视化允许分析三人/家庭数据,例如在罕见的孟德尔疾病中寻找致病变异。

作者:Tomasz Stokowy

维护者:Tomasz Stokowy < Tomasz。Stokowy在k2.uib.no>

引文(从R内,输入引用(“RareVariantVis”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RareVariantVis”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RareVariantVis”)

PDF RareVariantVis
PDF 参考手册

细节

biocViews GenomicVariation测序软件WholeGenome
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(0.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenericsVariantAnnotationgoogleVis
进口 S4VectorsIRangesGenomeInfoDbGenomicRanges
链接
建议 knitrAshkenazimSonChr21
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 RareVariantVis_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 RareVariantVis_1.2.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) RareVariantVis_1.2.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) RareVariantVis_1.2.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/RareVariantVis/tree/release-3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RareVariantVis/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心