要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RSVSim”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见RSVSim.
Bioconductor版本:3.2
RSVSim是一个用于模拟任何基因组中各种大小的删除、插入、反转、串联重复和易位的包,可作为fasta文件或BSgenome数据包。SV断点可以在整个基因组中统一放置,偏向于重复区域和高同源性区域(对于hg19)或用户提供的坐标。
作者:Christoph Bartenhagen
维护者:Christoph Bartenhagen < Christoph。巴滕哈根在uni-muenster.de>
引文(从R内,输入引用(“RSVSim”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RSVSim”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RSVSim”)
RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包 | ||
参考手册 |
biocViews | 测序,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (>= 3.0.0),Biostrings,GenomicRanges |
进口 | 方法,IRanges,ShortRead |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,质量,rtracklayer |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | RSVSim_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | RSVSim_1.10.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | RSVSim_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | RSVSim_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/RSVSim/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RSVSim/ |
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