要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RSVSim”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

RSVSim

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见RSVSim

RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:3.2

RSVSim是一个用于模拟任何基因组中各种大小的删除、插入、反转、串联重复和易位的包,可作为fasta文件或BSgenome数据包。SV断点可以在整个基因组中统一放置,偏向于重复区域和高同源性区域(对于hg19)或用户提供的坐标。

作者:Christoph Bartenhagen

维护者:Christoph Bartenhagen < Christoph。巴滕哈根在uni-muenster.de>

引文(从R内,输入引用(“RSVSim”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RSVSim”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RSVSim”)

PDF RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包
PDF 参考手册

细节

biocViews 测序软件
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 3.0.0),BiostringsGenomicRanges
进口 方法,IRangesShortRead
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked质量rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 RSVSim_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 RSVSim_1.10.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) RSVSim_1.10.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) RSVSim_1.10.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/RSVSim/tree/release-3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RSVSim/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心