要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RIPSeeker”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见RIPSeeker.
Bioconductor版本:3.2
利用负二项发射概率的两态HMM从RIP-seq对准中推断和区分RIP峰值。虽然RIPSeeker是专门为RIP-seq数据分析量身定制的,但它还提供了一套生物信息学工具,集成在这个独立的软件包中,全面解决了从对齐后处理到可视化和注释等问题。
作者:李越
维护者:Yue Li
引文(从R内,输入引用(“RIPSeeker”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“RIPSeeker”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RIPSeeker”)
RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计包 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | RIPSeq,测序,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R(>= 2.15),方法,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,Rsamtools,GenomicAlignments,rtracklayer |
进口 | |
链接 | |
建议 | biomaRt,ChIPpeakAnno平行,GenomicFeatures |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/software.html |
全靠我 | RIPSeekerData |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | RIPSeeker_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | RIPSeeker_1.10.0.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | RIPSeeker_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | RIPSeeker_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/RIPSeeker/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RIPSeeker/ |
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