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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PGA。

识别的包小说肽通过定制数据库来自RNA-Seq

Bioconductor版本:3.2

这个包提供了构建定制的功能蛋白质数据库基于RNA-Seq数据、数据库搜索、后处理和报告生成。这种定制的蛋白质数据库包括参考数据库(如Refseq或运用)和小说肽序列形式RNA-Seq数据。

作者:Shaohang徐,Bo温家宝

维修工:薄熙来温家宝<文博genomics.cn >, Shaohang徐< xsh。斯凯在gmail.com >

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细节

biocViews	MassSpectrometry,蛋白质组学,RNASeq,ReportWriting,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.0.1),IRanges,GenomicRanges,Biostrings(> = 2.26.3之前),data.table,rTANDEM
进口	Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicFeatures(> = 1.19.8),biomaRt(> = 2.17.1),stringr,RCurl,Nozzle.R1,VariantAnnotation(> = 1.7.28),rtracklayer,RSQLite,ggplot2,AnnotationDbi,customProDB(> = 1.7.0),pheatmap
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	PGA_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	PGA_1.0.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	PGA_1.0.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	PGA_1.0.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/pga/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PGA/
包下载报告	下载数据