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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MEDIPS。
Bioconductor版本:3.2
MEDIPS开发分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,MEDIPS提供功能任何定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括覆盖组间差计算样品和饱和度和相关分析。
作者:卢卡斯查韦斯马提亚Lienhard,艾萨克·洛佩兹Moyado Joern黛德丽
维护人员:卢卡斯查韦斯< l。查韦斯在dkfz.de >
从内部引用(R,回车引用(“MEDIPS”)
):
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MEDIPS | ||
参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,CopyNumberVariation,报道,CpGIsland,DNAMethylation,DifferentialExpression,遗传学,GenomeAnnotation,微阵列,预处理,质量控制,SequenceMatching,测序,软件,可视化 |
版本 | 1.20.1 |
Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(5.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 3.0),BSgenome,Rsamtools |
进口 | GenomicRanges,Biostrings、图形、gtools,IRanges、方法、统计跑龙套,刨边机,DNAcopy,biomaRt,rtracklayer,preprocessCore |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,MEDIPSData,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
包的来源 | MEDIPS_1.20.1.tar.gz |
Windows二进制 | MEDIPS_1.20.1.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | MEDIPS_1.20.0.tgz |
Mac OS X 10.9(小牛) | MEDIPS_1.20.1.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/medips/tree/release - 3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MEDIPS/ |
包下载报告 | 下载数据 |