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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见HTSeqGenie．

一个NGS分析管道

Bioconductor版本:3.2

库执行NGS分析。

作者:Gregoire Pau, Jens Reeder

维护者:Jens Reeder < Reeder。Jens在gene.com>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“HTSeqGenie”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HTSeqGenie”)

PDF		HTSeqGenie
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	3.20.1
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0.0)，gmapR(> = 1.6.4,),ShortRead(> = 1.19.13),VariantAnnotation(> = 1.8.3)
进口	BiocGenerics(> = 0.2.0),S4Vectors(> = 0.7.21),IRanges(> = 2.3.23),GenomicRanges(> = 1.7.12),Rsamtools于(> = 1.8.5),Biostrings(> = 2.24.1),chipseq(> = 1.6.1),hwriter1.3.0(> =版本),开罗(> = 1.5.5),GenomicFeatures(> = 1.9.31),BiocParallel，平行，工具，rtracklayer(> = 1.17.19),GenomicAlignments，VariantTools(> = 1.6.1)
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，LungCancerLines，org.Hs.eg.db，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	HTSeqGenie_3.20.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Mac OS X 10.9 (Mavericks)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/HTSeqGenie/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HTSeqGenie/
软件包下载报告	下载数据