GenomicFeatures
  |
这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFeatures。
工具制造和操作记录为中心的注释
Bioconductor版本:3.2
一组工具和方法制造和操作记录为中心的注释。用这些工具,用户可以很容易地下载成绩单的基因组的位置,外显子和cd的给定的有机体,从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(在未来将支持更多的来源)。然后这些信息存储在一个本地数据库,跟踪记录之间的关系,外显子、cd和基因。提供灵活的方法提取所需的功能在一个方便的格式。
作者:m·卡尔森h .页面,p . Aboyoun猎鹰,m·摩根,d . Sarkar m .劳伦斯
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicFeatures”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“GenomicFeatures”)
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GenomicFeatures”)
细节
| biocViews |
注释,遗传学,GenomeAnnotation,基础设施,测序,软件 |
| 版本 |
1.22.13 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.5 (r - 2.10)(6.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.7.17),IRanges(> = 2.3.21),GenomeInfoDb(> = 1.5.16),GenomicRanges(> = 1.21.32),AnnotationDbi(> = 1.27.9) |
| 进口 |
方法,跑龙套、工具DBI(> = 0.2 5),RSQLite(> = 0.8 - 1),RCurl,XVector,Biostrings(> = 2.23.3),rtracklayer(> = 1.29.24),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1) |
| 链接 |
|
| 建议 |
org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db,FDb.UCSC.tRNAs,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,Rsamtools,pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments,RUnit,BiocStyle,knitr |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
cpvSNP,ensembldb,exomePeak,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,ggtut,吉他,Homo.sapiens,InPAS,iva,Mus.musculus,mygene,OrganismDbi,Rattus.norvegicus,RNAprobR,SplicingGraphs,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene |
| 进口我 |
AllelicImbalance,AnnotationHubData,biovizBase,bumphunter,卡斯珀,ChIPpeakAnno,ChIPseeker,compEpiTools,CompGO,csaw,customProDB,derfinder,derfinderPlot,EDASeq,埃尔默,EnsDb.Hsapiens.v75,EnsDb.Hsapiens.v79,EnsDb.Mmusculus.v75,EnsDb.Mmusculus.v79,EnsDb.Rnorvegicus.v75,EnsDb.Rnorvegicus.v79,epivizr,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,geneLenDataBase,ggbio,gmapR,gQTLstats,Gviz,gwascat,Homo.sapiens,HTSeqGenie,检查,光民,metagene,methyAnalysis,Mus.musculus,PGA,proBAMr,qpgraph,QuasR,Rattus.norvegicus,rCGH,RiboProfiling,SGSeq,SplicingGraphs,systemPipeR,TCGAbiolinks,trackViewer,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis,VariantAnnotation,VariantFiltering,VariantTools,wavClusteR |
| 建议我 |
AnnotationHub,biomvRCNS,Biostrings,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau8,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6,chipseq,腰带,DEXSeq,easyRNASeq,啪嗒啪嗒地响,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,ggtut,groHMM,ind1KG,海市蜃楼,parathyroidSE,RIPSeeker,Rsamtools,ShortRead,SummarizedExperiment |
| 构建报告 |
|
包档案
遵循bob 体育网址
指示在R会话中使用这个包。
