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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicAlignments．

短基因组排列的表示和操作

Bioconductor版本:3.2

提供高效的容器，用于存储和操作短基因组序列(通常通过将短读序列对准参考基因组来获得)。这包括读取计数、计算覆盖范围、结检测和处理比对的核苷酸含量。

作者:Herv\'e Pag\ ' es, Valerie Obenchain, Martin Morgan

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因组校准”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicAlignments”)

PDF		使用summarizeOverlaps计数读取
PDF		重叠编码
PDF		研究排列的核苷酸
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		从BAM文件读取-第1部分
视频		从BAM文件读取-第2部分

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，遗传学，基础设施，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.6.3
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.8.6),IRanges(> = 2.3.21),GenomeInfoDb(> = 1.1.20),GenomicRanges(> = 1.21.6),SummarizedExperiment(> = 0.3.1),Biostrings(> = 2.37.1),Rsamtools(> = 1.21.4)
进口	方法、统计数据BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，BiocParallel
链接	S4Vectors，IRanges
建议	ShortRead，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，DESeq，刨边机，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	AllelicImbalance，Basic4Cseq，嵌合体，DiffBind，exomePeak，GoogleGenomics，groHMM，吉他，hiReadsProcessor，prebs，RIPSeeker，rnaSeqMap，ShortRead，SplicingGraphs
进口我	biovizBase，ChIPQC，cn，文案，CoverageView，csaw，customProDB，derfinder，easyRNASeq，FourCSeq，genomation，GenomicFiles，ggbio，gmapR，GreyListChIP，Gviz，HTSeqGenie，检查，leeBamViews，metagene，methylPipe，图片，QuasR，Repitools，RiboProfiling，RNAprobR，咆哮，Rqc，rtracklayer，SGSeq，similaRpeak，soGGi，SplicingGraphs，trackViewer
建议我	BiocParallel，计，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，oneChannelGUI，parathyroidSE，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，RnaSeqTutorial，Rsamtools，彩带
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	GenomicAlignments_1.6.3.tar.gz
Windows二进制	GenomicAlignments_1.6.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	GenomicAlignments_1.6.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	GenomicAlignments_1.6.3.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomicAlignments/tree/release-3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/
软件包下载报告	下载数据