GenomeInfoDb
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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomeInfoDb。
公用事业操纵染色体和其他“seqname”标识符
Bioconductor版本:3.2
包含数据和函数定义,允许翻译不同染色体序列命名约定(例如,“chr1”和“1”),包括一个函数,它试图序列名称在自然,而不是字典式的秩序。
作者:Sonali Arora,马丁·摩根,马克•卡尔森h .页面
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“GenomeInfoDb”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“GenomeInfoDb”)
文档
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browseVignettes (“GenomeInfoDb”)
| PDF |
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GenomeInfoDb: GenomeInfoDb概论 |
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GenomeInfoDb GenomeInfoDb:提交你的生物体 |
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参考手册 |
| 文本 |
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新闻 |
| 视频 |
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简单的任务genomeInfoDb |
细节
| biocViews |
注释,DataRepresentation,遗传学,GenomeAnnotation,软件 |
| 版本 |
1.6.3 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.14 (r - 3.1)(2年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
R(> = 3.1)、方法stats4,BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.7.11),IRanges(> = 1.99.26) |
| 进口 |
方法,BiocGenerics,S4Vectors |
| 链接 |
|
| 建议 |
GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,BSgenome,GenomicFeatures,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,RUnit,BiocStyle,knitr |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
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| URL |
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| 取决于我 |
BSgenome,bsseq,bumphunter,ChIPComp,食典委,CSAR,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,GenomicTuples,gmapR,groHMM,htSeqTools,IdeoViz,methyAnalysis,Rsamtools,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37,TitanCNA,VariantAnnotation,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38 |
| 进口我 |
AllelicImbalance,AnnotationHubData,舞会礼服,biovizBase,BiSeq,BSgenome,卡斯珀,CexoR,ChIPpeakAnno,ChIPseeker,cn,CNPBayes,compEpiTools,conumee,文案,csaw,customProDB,derfinder,derfinderPlot,diffHic,easyRNASeq,埃尔默,ensembldb,epivizr,exomeCopy,genomation,genomeIntervals,GenomicInteractions,genoset,genotypeeval,ggbio,GGtools,GoogleGenomics,gQTLstats,grasp2db,GreyListChIP,Gviz,gwascat,h5vc,HiTC,InPAS,iva,metagene,methylPipe,methylumi,minfi,MinimumDistance,motifbreakR,myvariant,NarrowPeaks,podkat,prebs,ProteomicsAnnotationHubData,qpgraph,QuasR,r3Cseq,RareVariantVis,Rariant,rCGH,regionReport,Repitools,RiboProfiling,rtracklayer,seqplots,SGSeq,ShortRead,SNPchip,SNPhood,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38,soGGi,SomaticSignatures,SplicingGraphs,SummarizedExperiment,TarSeqQC,TFBSTools,VanillaICE,VariantFiltering,VariantTools,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38 |
| 建议我 |
AnnotationHub,gQTLBase,QDNAseq |
| 构建报告 |
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包档案
遵循bob 体育网址
指示在R会话中使用这个包。
