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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ edaseq”)

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EDASEQ

此软件包适用于生物导体的3.2版;对于稳定的最新版本,请参阅EDASEQ

RNA-SEQ的探索性数据分析和归一化

生物导体版本:3.2

RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。采用循环效应(或其他基因级效应)对读数计数的车道内归一化程序:boress稳健的局部回归,全球尺度和全量式归一化(Risso等,2011)。车道上的归一化程序,以调整车道之间的分布差异(例如,测序深度):全球尺度和全量式归一化(Bullard等,2010)。

作者:Davide Risso [AUT,CRE,CPH],Sandrine Dudoit [AUT],Ludwig Geistlinger [CTB]

维护者:davide risso

引用(从r内,输入引用(“ edaseq”)):

安装

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文档

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browsevignettes(“ edaseq”)

PDF EDASEQ:RNA-seq数据的探索性数据分析和归一化
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件
版本 2.4.1
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(4。5年)
执照 艺术2.0
要看 生物酶(> = 2.15.1),Shortread(> = 1.11.42)
进口 方法,图形,生物基因,,,,iranges(> = 1.13.9),deseq,,,,香气,,,,rsamtools(> = 1.5.75),Biomart,,,,生物弦,,,,AnnotationDbi,,,,GenomicFeatures,,,,基因组机
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,yeastrnaseq,,,,Leebamviews,,,,EDGER,,,,克恩斯门茶
系统要求
增强
URL https://github.com/drisso/edaseq
BugReports https://github.com/drisso/edaseq/issues
取决于我 metaseqr,,,,Ruvseq
进口我 富集兄弟,,,,tcgabiolinks
建议我 htsfilter,,,,Onechannelgui
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 edaseq_2.4.1.tar.gz
Windows二进制 edaseq_2.4.1.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) edaseq_2.4.0.tgz
Mac OS X 10.9(Mavericks) edaseq_2.4.1.tgz
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/edaseq/tree/release-3.2
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/edaseq/
软件包下载报告 下载统计

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