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EDASEQ
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此软件包适用于生物导体的3.2版；对于稳定的最新版本，请参阅EDASEQ。
RNA-SEQ的探索性数据分析和归一化
生物导体版本：3.2
RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。采用循环效应（或其他基因级效应）对读数计数的车道内归一化程序：boress稳健的局部回归，全球尺度和全量式归一化（Risso等，2011）。车道上的归一化程序，以调整车道之间的分布差异（例如，测序深度）：全球尺度和全量式归一化（Bullard等，2010）。
作者：Davide Risso [AUT，CRE，CPH]，Sandrine Dudoit [AUT]，Ludwig Geistlinger [CTB]
维护者：davide risso
引用（从r内，输入引用（“ edaseq”））：
安装
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文档
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| EDASEQ：RNA-seq数据的探索性数据分析和归一化 | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 2.4.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.9（R-2.14）（4。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | 生物酶（> = 2.15.1），Shortread（> = 1.11.42） |
| 进口 | 方法，图形，生物基因，，，，iranges（> = 1.13.9），deseq，，，，香气，，，，rsamtools（> = 1.5.75），Biomart，，，，生物弦，，，，AnnotationDbi，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，yeastrnaseq，，，，Leebamviews，，，，EDGER，，，，克恩斯门茶 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/drisso/edaseq |
| BugReports | https://github.com/drisso/edaseq/issues |
| 取决于我 | metaseqr，，，，Ruvseq |
| 进口我 | 富集兄弟，，，，tcgabiolinks |
| 建议我 | htsfilter，，，，Onechannelgui |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 包源 | edaseq_2.4.1.tar.gz |
| Windows二进制 | edaseq_2.4.1.zip |
| Mac OS X 10.6（雪豹） | edaseq_2.4.0.tgz |
| Mac OS X 10.9（Mavericks） | edaseq_2.4.1.tgz |
| 颠覆源 | （用户名/密码：ReadOnly） |
| git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/edaseq/tree/release-3.2 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/edaseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
