要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http:// if https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("DMRforPairs")

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

DMRforPairs

此包适用于Bioconductor的3.2版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DMRforPairs

DMRforPairs:使用基于甲基化配置文件的阵列识别不同样品之间的差异甲基化区域

Bioconductor版本:3.2

DMRforPairs(以前的DMR2+)允许研究人员比较n>=2个独特的样品的甲基化概况。对n个单一样本的(成对)比较将dmrforpair与其他现有的管道区别开来,因为这些管道通常在单个CpG位点或基于区域的分析中比较组样本。DMRforPairs将感兴趣的区域定义为基因组范围,其中有足够的探针彼此靠近。一个区域中的探测可选择性地注释到相同的函数类。差异甲基化是通过比较个体样品和和之间每个区域内的甲基化值来评估的(如果差异足够大),正式检验这种差异的统计显著性。

作者:Martin Rijlaarsdam [aut, cre], Yvonne vd Zwan [aut], Lambert Dorssers [aut], Leendert Looijenga [aut]

维护者:Martin Rijlaarsdam

引用(从R中,输入引用(“DMRforPairs”)):

安装

要安装这个包,开始R,然后输入:

##尝试http:// if https:// url不支持source("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("DMRforPairs")

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“DMRforPairs”)

PDF DMRforPairs_vignette
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DNAMethylationDifferentialMethylation微阵列ReportWriting软件可视化
版本 1.6.0
在Bioconductor公司 BioC 2.14 (R-3.1)(2年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.15.2),Gviz(> = 1.2.1),R2HTML(> = 2.2.1),GenomicRanges(>= 1.10.7),平行
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL http://www.martinrijlaarsdam.nlhttp://www.erasmusmc.nl/pathologie/research/lepo/3898639/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

包的来源 DMRforPairs_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 DMRforPairs_1.6.0.zip
Mac OS X 10.6(雪豹) DMRforPairs_1.6.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛队) DMRforPairs_1.6.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/DMRforPairs/tree/release-3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DMRforPairs/
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