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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DEXSeq。

推理RNA-Seq微分外显子的使用

Bioconductor版本:3.2

包是专注于找到微分外显子使用使用RNA-seq外显子之间的数量和样品不同的实验设计。它提供了功能,允许用户进行必要的统计测试基于模型,采用负二项分布来估计方差之间的生物复制和广义线性模型进行测试。包还提供了函数的可视化和探索的结果。

作者:西蒙·安德斯Alejandro雷耶斯<桑德斯在fs.tum.de >和<亚历杭德罗。海德堡EMBL雷耶斯在embl.de >

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯<亚历杭德罗。雷耶斯在embl.de >

安装

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文档

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browseVignettes (“DEXSeq”)

PDF		分析RNA-seq数据微分外显子与“DEXSeq”包使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,RNASeq,测序,软件
版本	1.16.10
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(4.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocParallel,Biobase,IRanges(> = 2.1.10),GenomicRanges(> = 1.19.6),DESeq2(> = 1.9.11)
进口	BiocGenerics,biomaRt,hwriter、方法、stringr,Rsamtools,statmod,geneplotter,genefilter,RColorBrewer
链接
建议	GenomicFeatures(> = 1.13.29),pasilla(> = 0.2.22),parathyroidSE,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了	平行
URL
取决于我
进口我
建议我	GenomicRanges,oneChannelGUI,pasilla,subSeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	DEXSeq_1.16.10.tar.gz
Windows二进制	DEXSeq_1.16.10.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	DEXSeq_1.16.0.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	DEXSeq_1.16.10.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/dexseq/tree/release - 3.2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEXSeq/
包下载报告	下载数据