要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPseeker”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见ChIPseeker.
Bioconductor版本:3.2
该软件包实现了检索峰值附近最近的基因,标注峰值基因组区域,统计方法估计ChIP峰值数据集之间重叠的显著性,并集成GEO数据库供用户将自己的数据集与数据库中保存的数据集进行比较。这种比较可以用来推断合作调节,从而可以用来产生假设。实现了一些可视化功能,以总结峰实验的覆盖范围、与TSS区域结合的峰的平均剖面和热图、基因组注释、与TSS的距离以及峰或基因的重叠。
作者:Guangchuang Yu
维护人员:guangchuangyu
引文(从R内,输入引用(“ChIPseeker”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ChIPseeker”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“ChIPseeker”)
超文本标记语言 | ChIPseeker:一个用于芯片峰值注释、比较和可视化的R包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,ChIPSeq,MultipleComparison,软件,可视化 |
版本 | 1.6.7 |
在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(2年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.1.0) |
进口 | BiocGenerics,引导,AnnotationDbi,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,ggplot2,gplots,图形,grDevices,网格,gridBase,gtools、方法、plotrix,dplyr平行,plyr,magrittr,RColorBrewer,rtracklayer,S4Vectors,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,UpSetR |
链接 | |
建议 | clusterProfiler,剂量,ReactomePA,org.Hs.eg.db,knitr,BiocStyle,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker |
BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | ChIPseeker_1.6.7.tar.gz |
Windows二进制 | ChIPseeker_1.6.7.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | ChIPseeker_1.6.1.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | ChIPseeker_1.6.7.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPseeker/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseeker/ |
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