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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“CSAR”)
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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见CSAR.
Bioconductor版本:3.2
用于ChIP-seq数据分析的统计工具。该软件包包括Kaufmann等人(2009)PLoS Biology: 7(4):e1000090中描述的统计方法。简单地说,考虑到测序的平均DNA片段大小,该软件计算基因组单核苷酸读-富集值。归一化后,样本和对照使用基于泊松分布的检验进行比较。通过随机排列得到控制误发现率的检验统计阈值。
作者:Jose M Muino
维护者:Jose M Muino < Jose。Muino在wur.nl>
引文(从R内,输入引用(CSAR)
):
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参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,遗传学,软件,转录 |
版本 | 1.22.0 |
在Bioconductor | BioC 2.6 (R-2.11)(6年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.15.0),S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges |
进口 | 统计,跑龙套 |
链接 | |
建议 | ShortRead,Biostrings |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | NarrowPeaks |
建议我 | NarrowPeaks |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | CSAR_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | CSAR_1.22.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | CSAR_1.22.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | CSAR_1.22.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/CSAR/tree/release-3.2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CSAR/ |
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