要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“CAGEr”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

篮球选手

这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本,请参见篮球选手

分析CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据,精确定位转录起始位点和启动子组挖掘

Bioconductor版本:3.2

CAGE测序数据的预处理,转录起始位点的鉴定和规范化,转录起始位点簇(启动子)的下游分析。

作者:Vanja Haberle,挪威卑尔根大学生物系< Vanja。Haberle在gmail.com>

维护者:Vanja Haberle < Vanja。Haberle在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“篮球选手”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“CAGEr”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“篮球选手”)

PDF 篮球选手
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类HighThroughputSequencing预处理测序软件转录可视化
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 , R (>= 2.15.0),BSgenome
进口 跑龙套,RsamtoolsGenomicRangesIRangesdata.tablebeanplotrtracklayer耶鲁大学管理学院VGAM
链接
建议 BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7FANTOM3and4CAGE
SystemRequirements
增强了 平行
URL
全靠我
进口我
建议我 seqPattern
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 CAGEr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 CAGEr_1.12.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) CAGEr_1.12.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks) CAGEr_1.12.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/CAGEr/tree/release-3.2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心