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安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“AnnotationHub”)
在大多数情况下,您不需要下载包存档。
AnnotationHub
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这个包是3.2版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationHub。
客户端访问AnnotationHub资源
Bioconductor版本:3.2
这个包提供了一个客户Bioconductor AnnotationHub web资源。基因组AnnotationHub web资源提供了一个中央位置的文件(例如,VCF、床、假发)和其他资源从标准位置(例如,UCSC的运用)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据,例如,文本描述,标签,和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存文件检索的用户,帮助快速和可再生的访问。
作者:马丁•摩根(cre)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora(施)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“AnnotationHub”)):
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“AnnotationHub”)
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“AnnotationHub”)
| HTML | AnnotationHub入门的 | |
| HTML | AnnotationHub: AnnotationHub Web服务的访问 | |
| HTML | AnnotationHub:如何写食谱AnnotationHub新资源 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient |
| 版本 | 2.2.5 |
| Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(3年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | BiocGenerics(> = 0.15.10) |
| 进口 | 跑龙套、方法RSQLite,BiocInstaller,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors,interactiveDisplayBase,httr |
| 链接 | |
| 建议 | IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,VariantAnnotation,Rsamtools,rtracklayer,BiocStyle,knitr,AnnotationForge,rBiopaxParser,RUnit,GenomicFeatures,MSnbase,mzR,Biostrings,SummarizedExperiment |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | AnnotationHubData |
| URL | |
| 取决于我 | AnnotationHubData,ProteomicsAnnotationHubData,RefNet |
| 进口我 | ensembldb,grasp2db,gwascat,pwOmics |
| 建议我 | dupRadar,GenomicRanges,Pbase |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 包的来源 | AnnotationHub_2.2.5.tar.gz |
| Windows二进制 | AnnotationHub_2.2.5.zip |
| Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | AnnotationHub_2.2.1.tgz |
| Mac OS X 10.9(小牛) | AnnotationHub_2.2.5.tgz |
| Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
| Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/annotationhub/tree/release - 3.2 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
