HDF5Array

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDF5Array

HDF5 DelayedArray对象的后端

Bioconductor版本:版本(3.17)

实现HDF5Array, H5SparseMatrix、H5ADMatrix TENxMatrix类,4代表和操纵方便、节约内存数组类的容器:(1)传统(又名密集)HDF5数据集,(2)一个HDF5稀疏矩阵(存储在CSR / CSC /耶鲁格式),(3)中央矩阵h5ad文件(或任何矩阵/层组),或(4)10倍基因组稀疏矩阵。所有这些容器DelayedArray扩展,从而支持所有操作(延迟或block-processed)支持DelayedArray对象。

作者:Herve页面

维护人员:< hpages.on Herve页面。github在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HDF5Array”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,报道,DataImport,DataRepresentation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,基础设施,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.28.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,DelayedArray(> = 0.26.1),rhdf5(> = 2.31.6)
进口	跑龙套、统计工具,矩阵,rhdf5filters,BiocGenerics(> = 0.31.5),S4Vectors,IRanges,S4Arrays(> = 1.0.1)
链接	S4Vectors(> = 0.27.13),Rhdf5lib
建议	BiocParallel,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.15.1),h5vcData,ExperimentHub,TENxBrainData,zellkonverter,GenomicFeaturesRUnit,SingleCellExperiment
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array
BugReports	https://github.com/Bioconductor/HDF5Array/issues
取决于我	compartmap,MAGAR,restfulSEData,TENxBrainData,TENxPBMCData
进口我	alabaster.matrix,biscuiteer,bsseq,Cepo,chihaya,clusterExperiment,curatedTCGAData,cytomapper,DelayedTensor,DropletUtils,弗雷泽,GenomicScores,glmGamPoi,GSVA,HCAData,imcdatasets,LoomExperiment,MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38,MafH5.gnomAD.v3.1.2.GRCh38,水手,methrix,MethylSeqData,minfi,MOFA2,netSmooth,NxtIRFcore,recountmethylation,scmeth,scMultiome,signatureSearch,SingleCellMultiModal,SpliceWiz,TabulaMurisSenisData,transformGamPoi
建议我	beachmat,BiocSklearn,cellxgenedp,DelayedArray,DelayedMatrixStats,iSEE,桅杆,mbkmeans,metabolomicsWorkbenchR,MuData,MultiAssayExperiment,PDATK,QFeatures,SCArray,scMerge,食物,用水晶球占卜,spatialHeatmap,spicyWorkflow,SummarizedExperiment,TENxIO,zellkonverter
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HDF5Array_1.28.1.tar.gz
Windows二进制	HDF5Array_1.28.1.zip
macOS二进制(x86_64)	HDF5Array_1.28.1.tgz
macOS二进制(arm64)	HDF5Array_1.28.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HDF5Array
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HDF5Array
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/HDF5Array/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档