zinbwave

DOI:10.18129 / B9.bioc.zinbwave

RNA-Seq数据的零膨胀负二项式模型

Bioconductor版本:发行版(3.16)

实现了一种通用且灵活的零膨胀负二项式模型,可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型考虑了零通胀(退出)、过度分散和数据的计数性质。该模型还考虑了库大小的差异,并可选地考虑批处理效应和/或其他协变量,避免了对数据进行预规范化的需要。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph], Svetlana Gribkova [aut], Fanny Perraudeau [aut], Jean-Philippe Vert [aut], Clara Bagatin [aut]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“zinbwave”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“zinbwave”)

超文本标记语言 R脚本 zinbwave装饰图案
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细节

biocViews DimensionReductionGeneExpressionImmunoOncologyRNASeq测序SingleCell软件转录组
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.4),方法,SummarizedExperimentSingleCellExperiment
进口 BiocParallelsoftImpute统计数据,genefilter刨边机矩阵
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatmatrixStatsmagrittrscRNAseqggplot2biomaRtBiocStyleRtsneDESeq2
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/drisso/zinbwave/issues
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包档案

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源包 zinbwave_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 zinbwave_1.20.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) zinbwave_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) zinbwave_1.20.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/zinbwave
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/zinbwave/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/
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