zinbwave

DOI:10.18129 / B9.bioc.zinbwave

RNA-Seq数据的零膨胀负二项式模型

Bioconductor版本:发行版(3.16)

实现了一种通用且灵活的零膨胀负二项式模型，可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型考虑了零通胀(退出)、过度分散和数据的计数性质。该模型还考虑了库大小的差异，并可选地考虑批处理效应和/或其他协变量，避免了对数据进行预规范化的需要。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Svetlana Gribkova [aut]， Fanny Perraudeau [aut]， Jean-Philippe Vert [aut]， Clara Bagatin [aut]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“zinbwave”)

超文本标记语言	R脚本	zinbwave装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment
进口	BiocParallel，softImpute统计数据,genefilter，刨边机，矩阵
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，matrixStats，magrittr，scRNAseq，ggplot2，biomaRt，BiocStyle，Rtsne，DESeq2
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/drisso/zinbwave/issues
全靠我
进口我	benchdamic，clusterExperiment，scBFA，singleCellTK
建议我	桅杆，飞溅
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	zinbwave_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	zinbwave_1.20.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	zinbwave_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	zinbwave_1.20.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/zinbwave
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/zinbwave/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/
软件包下载报告	下载数据