天顶
DOI:10.18129 / B9.bioc.zenith
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅天顶。
基因集合分析微分表达式使用线性(混合)建模后的梦想
Bioconductor版本:3.16
天顶上执行组基因分析的结果用线性微分表达式(混合)建模与梦想通过考虑基因表达特征之间的相关性。这个包实现了相机吴提出的方法从limma包和史密斯(2012)。天顶的相机是一个简单的扩展兼容线性混合模型中实现variancePartition::梦想()。
作者:加布里埃尔·霍夫曼(aut (cre)
维护人员:加布里埃尔·霍夫曼<加布里埃尔。霍夫曼在mssm.edu >
从内部引用(R,回车引用(“天顶”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“天顶”)
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文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“天顶”)
| HTML | R脚本 | 例子中使用的天顶GEUVAIDIS RNA-seq |
| HTML | R脚本 | 例子使用RNA-seq天顶 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | BatchEffect,DifferentialExpression,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,转录组 |
| 版本 | 1.0.2中 |
| Bioconductor自 | BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 4.2.0)方法 |
| 进口 | variancePartition(> = 1.26.0),limma,EnrichmentBrowser(> = 2.22.0),GSEABase(> = 1.54.0)msigdbr (> = 7.5.1) Rfast, ggplot2, tidyr, reshape2,进步,跑龙套,Rdpack,统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,BiocGenericsrmarkdown knitr,迎合,tweeDEseqCountData,刨边机、kableExtra RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://DiseaseNeuroGenomics.github.io/zenith |
| BugReports | https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/zenith/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | zenith_1.0.2.tar.gz |
| Windows二进制 | zenith_1.0.2.zip |
| macOS二进制(x86_64) | zenith_1.0.2.tgz |
| macOS二进制(arm64) | zenith_1.0.2.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zenith |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/天顶 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/zenith/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/zenith/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
