xcore

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcore

Xcore表达式调节推理

Bioconductor版本:发行版(3.16)

xcore是一个基于已知分子特征和用户基因表达数据的转录因子活性建模R包。附带的xcoredata包提供了一个分子签名的集合，由公开可用的ChiP-seq实验构建。Xcore使用岭回归来模拟作为分子特征的线性组合的表达变化，并发现它们的未知活性。得到的估计可以进一步检验其显著性，以选择对观察到的表达变化具有最高预测影响的分子标记。

作者:Maciej migda斯拉夫[aut, cre]，博古米拉·卡茨科夫斯基[au]

维护者:Maciej migdalark

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("xcore")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“xcore”)

超文本标记语言	R脚本	xcore装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	表观遗传学，GeneExpression，GeneRegulation，回归，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.2)
进口	DelayedArray(> = 0.18.0),刨边机(> = 3.34.1),foreach(> = 1.5.1),GenomicRanges(> = 1.44.0),glmnet(> = 4.1.2),IRanges(> = 2.26.0),迭代器(> = 1.0.13),magrittr(> = 2.0.1),矩阵(>= 1.3.4)，方法(>= 4.1.1)MultiAssayExperiment(>= 1.18.0)， stats，S4Vectors(>= 0.30.0)， utils
链接
建议	AnnotationHub(> = 3.0.2),BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.28),BiocStyle(> = 2.20.2),data.table(> = 1.14.0),devtools(> = 2.4.2),doParallel(> = 1.0.16),ExperimentHub(> = 2.2.0),knitr(> = 1.37),pheatmap(> = 1.0.12),代理(> = 0.4.26),脊(> = 3.0),rmarkdown(> = 2.11),rtracklayer(> = 1.52.0),testthat(> = 3.0.0),usethis(> = 2.0.1),xcoredata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	xcoredata
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	xcore_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	xcore_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	xcore_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcore
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/xcore
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/xcore/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/xcore/
软件包下载报告	下载数据