xcore

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcore

Xcore表达式调节推理

Bioconductor版本:发行版(3.16)

xcore是一个基于已知分子特征和用户基因表达数据的转录因子活性建模R包。附带的xcoredata包提供了一个分子签名的集合,由公开可用的ChiP-seq实验构建。Xcore使用岭回归来模拟作为分子特征的线性组合的表达变化,并发现它们的未知活性。得到的估计可以进一步检验其显著性,以选择对观察到的表达变化具有最高预测影响的分子标记。

作者:Maciej migda斯拉夫[aut, cre],博古米拉·卡茨科夫斯基[au]

维护者:Maciej migdalark

引文(从R内,输入引用(“xcore”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("xcore")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“xcore”)

超文本标记语言 R脚本 xcore装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 表观遗传学GeneExpressionGeneRegulation回归测序软件
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 4.2)
进口 DelayedArray(> = 0.18.0),刨边机(> = 3.34.1),foreach(> = 1.5.1),GenomicRanges(> = 1.44.0),glmnet(> = 4.1.2),IRanges(> = 2.26.0),迭代器(> = 1.0.13),magrittr(> = 2.0.1),矩阵(>= 1.3.4),方法(>= 4.1.1)MultiAssayExperiment(>= 1.18.0), stats,S4Vectors(>= 0.30.0), utils
链接
建议 AnnotationHub(> = 3.0.2),BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.28),BiocStyle(> = 2.20.2),data.table(> = 1.14.0),devtools(> = 2.4.2),doParallel(> = 1.0.16),ExperimentHub(> = 2.2.0),knitr(> = 1.37),pheatmap(> = 1.0.12),代理(> = 0.4.26),(> = 3.0),rmarkdown(> = 2.11),rtracklayer(> = 1.52.0),testthat(> = 3.0.0),usethis(> = 2.0.1),xcoredata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我 xcoredata
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 xcore_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 xcore_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) xcore_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcore
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/xcore
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/xcore/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/xcore/
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