这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅火神。
Bioconductor版本:3.16
火神(虚拟ChIP-Seq分析通过网络)是一个包,质问基因调控网络来推断辅因子显著富集微分绑定签名来自ChIP-Seq数据。为了这样做,我们的包结合了策略不同BioConductor包:DESeq对于数据规范化,ChIPpeakAnno和DiffBind ChIP-Seq基因组注释和定义的山峰,csaw定义最优峰值宽度和毒蛇申请监管网络微分绑定签名。
作者:费德里科•m . Giorgi Florian Markowetz安德鲁·n控股
维护人员:费德里科•m . Giorgi <费德里科•。在gmail.com giorgi >
从内部引用(R,回车引用(“火神”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“火神”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“火神”)
R脚本 | 火神:虚拟ChIP-Seq分析通过网络 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ChIPSeq,GeneExpression,NetworkEnrichment,软件,SystemsBiology |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (> = 4.0),ChIPpeakAnno,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene动物园,GenomicRanges,S4Vectors,毒蛇,DiffBind,locfit |
进口 | wordcloud,csawcaTools gplots统计,跑龙套,图形,DESeq2,Biobase |
链接 | |
建议 | vulcandata |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | vulcan_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | vulcan_1.20.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | vulcan_1.20.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | vulcan_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/火神 |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/vulcan/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/vulcan/ |
包下载报告 | 下载数据 |