Bioconductor版本:版本(3.16)
成绩单量化从鲑鱼和小鲑鱼进口自动附件的记录范围和发布信息,和其他相关的元数据。新创转录组可以链接到适当的来源与linkedTxomes和共享计算再现性。
迈克尔•爱(aut (cre)作者:夏洛特Soneson (aut,施莱),彼得·希基(aut,施莱),抢劫Patro aut,施莱,NIH NHGRI(曾经),CZI(曾经)
维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“tximeta”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tximeta”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“tximeta”)
HTML | R脚本 | 成绩单量化进口自动元数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,DataImport,FunctionalGenomics,GeneExpression,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,ReportWriting,ReproducibleResearch,SingleCell,软件,转录,转录组 |
版本 | 1.16.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | |
进口 | SummarizedExperiment,tximport,jsonlite,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,AnnotationDbi,GenomicFeatures,ensembldb,BiocFileCache,AnnotationHub,Biostrings,宠物猫,GenomeInfoDb、工具、跑龙套、方法矩阵 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,tximportData,org.Dm.eg.db,DESeq2,鱼池,刨边机,limma,devtools |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/mikelove/tximeta |
取决于我 | rnaseqGene |
进口我 | IsoformSwitchAnalyzeR |
建议我 | DESeq2,鱼池,fluentGenomics |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | tximeta_1.16.1.tar.gz |
Windows二进制 | tximeta_1.16.1.zip |
macOS二进制(x86_64) | tximeta_1.16.1.tgz |
macOS二进制(arm64) | tximeta_1.16.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximeta |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tximeta |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/tximeta/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/tximeta/ |
包下载报告 | 下载数据 |
老BioC 3.16源码包 | 源存档 |