trackViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.trackViewer

这是发展trackViewer版本;稳定的发布版本,请参阅trackViewer。

R / Bioconductor包优雅的绘图与web接口交互跟踪或棒棒糖阴谋促进multi-omics数据的综合分析

Bioconductor版本:发展(3.16)

可视化映射读取连同注释作为门店的数据集,如ChIP-seq追踪层,RNA-seq, miRNA-seq DNA-seq、单核苷酸多态性和甲基化数据。

作者:Jianhong Ou (aut (cre)朱,朱莉利华国际(aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“trackViewer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“trackViewer”)

HTML	R脚本	trackViewer装饰图案:改变风格
HTML	R脚本	trackViewer装饰图案:dandelionPlot
HTML	R脚本	trackViewer装饰图案:lollipopPlot
HTML	R脚本	trackViewer装饰图案:概述
HTML	R脚本	trackViewer装饰图案:情节交互数据
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文本		新闻

细节

biocViews	软件,可视化
版本	1.33.5
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0), grDevices,方法,GenomicRanges、网格Rcpp
进口	GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,Gviz,Rsamtools,S4Vectors,rtracklayer,BiocGenerics,尺度、工具、IRanges,AnnotationDbi,grImport,htmlwidgets,plotrix,Rgraphviz,InteractionSet,图跑龙套,rhdf5
链接	Rcpp
建议	biomaRt,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit,org.Hs.eg.db,BiocStyle,knitr,VariantAnnotation,httr,htmltools,rmarkdown,motifStack
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	NADfinder
建议我	ATACseqQC,ChIPpeakAnno
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	trackViewer_1.33.5.tar.gz
Windows二进制	trackViewer_1.33.5.zip
macOS 10.13(高山脉)	trackViewer_1.33.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trackViewer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ trackViewer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trackViewer/
包下载报告	下载数据