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terraTCGAdata
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DOI:10.18129 / B9.bioc.terraTCGAdata
OpenAccess TCGA Data on Terra as MultiAssayExperiment
Bioconductor版本:发行版(3.16)
通过完善的Bioconductor基础设施，利用Terra上现有的开放访问TCGA数据。在不了解其复杂性的情况下使用Terra数据模型。使用一些函数，您可以从Terra提供的TCGA示例工作区复制/下载并生成MultiAssayExperiment。
作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]
维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramosperez在roswellpark.org>
引文(从R内，输入引用(“terraTCGAdata”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“terraTCGAdata”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 获取Terra TCGA数据MultiAssayExperiment |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport，基础设施，软件 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(1年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.2.0)，铁砧，MultiAssayExperiment |
| 进口 | BiocFileCache，dplyr，GenomicRanges、方法、RaggedExperiment，readr，S4Vectors统计数据,tidyr，TCGAutils,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，BiocStyle，withr，testthat(> = 3.0.0) |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata |
| BugReports | https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | terraTCGAdata_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | terraTCGAdata_1.2.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | terraTCGAdata_1.2.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/terraTCGAdata |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/terraTCGAdata |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/terraTCGAdata/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/terraTCGAdata/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
