突触
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.synapsis
一个自动分析减数分裂过程中双链断裂修复的R包
Bioconductor版本:发行版(3.16)
Synapsis是一款Bioconductor软件包，用于自动(无偏倚和可重复)分析减数分裂免疫荧光数据集。该软件的主要功能可以i)识别减数分裂前期由突触复合体轴或中心元件蛋白标记的细胞，ii)分离单个突触复合体并测量其物理长度，iii)量化病灶并将其与突触复合体共定位，iv)测量突触复合体相关病灶之间的干扰。该软件的应用范围扩展到多个物种，并分析其他标记减数分裂前期染色体的蛋白质。该软件将减数分裂免疫荧光图像转换为与机器学习方法兼容的R数据帧。给定一组减数分裂扩散切片的显微图像，突触在单个单细胞周围裁剪图像，在每个细胞的基础上计算链上共焦的病灶，并测量任意给定链上病灶之间的距离。
作者:露西·麦克尼尔[aut, cre, cph]
，韦恩·克里斯马尼[rev, ctb]
维护者:Lucy McNeill
引文(从R内，输入引用(“突触”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“突触”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | Using-synapsis |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | SingleCell，软件 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在Bioconductor | bio3.14 (R-4.1)(1年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | EBImage，统计，utils，图形 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),ggplot2，tidyverse，BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | synapsis_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | synapsis_1.4.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | synapsis_1.4.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | synapsis_1.4.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapsis |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/synapsis |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/synapsis/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/synapsis/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
