svaRetro

DOI:10.18129 / B9.bioc.svaRetro

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅svaRetro。

Retrotransposed成绩单从结构性变异检测

Bioconductor版本:3.16

svaRetro包含功能检测retrotransposed成绩单(RTs)调用结构变体。需要调用结构变体在农庄breakend符号和标识RTs exon-exon连接和插入网站。候选人RTs报告事件和注释信息的插入记录。

作者:破坏越南盾(aut (cre)

维修工:毁了董< lnyidrn gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“svaRetro”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“svaRetro”)

HTML	R脚本	svaRetro包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,报道,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	GenomicRanges,rtracklayer,BiocGenerics,StructuralVariantAnnotationR (> = 4.0)
进口	VariantAnnotation为了,Biostrings,dplyr stringr方法、rlangGenomicFeatures,GenomeInfoDb,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,devtools ggplot2 testthat(> =魅惑,roxygen2, knitr,BiocStyle,plyrangescirclize发出滴答声,IRanges统计数据,SummarizedExperiment,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/PapenfussLab/svaRetro/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	svaRetro_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	svaRetro_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	svaRetro_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	svaRetro_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaRetro
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ svaRetro
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/svaRetro/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/svaRetro/
包下载报告	下载数据