specL

DOI:10.18129 / B9.bioc.specL

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅specL。

specL——准备肽谱匹配用于目标蛋白质组学

Bioconductor版本:3.16

提供了一个函数生成光谱库,可用于MRM SRM工作流女士在蛋白质组学。包提供了一个BiblioSpec读者,一个函数,可以添加蛋白质使用氨基酸FASTA格式的文件信息,并使用创建的导出方法库Spectronaut软件。包开发、测试和使用功能基因组学中心的苏黎世 。

作者:基督教Panse (aut (cre),乔纳斯Grossmann (aut)维托尔德,基督教Trachsel (aut),大肠Wolski(施)

维护人员:基督教Panse < cp在fgcz.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“specL”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“specL”)

HTML	R脚本	自动specL工作流
HTML	R脚本	介绍specL
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.32.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6), DBI(> = 0.5),方法(> = 3.3),protViz (> = 0.5), RSQLite (> = 1.1), seqinr (> = 3.3)
进口
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle(> = 2.2),knitr (> = 1.15), rmarkdown, RUnit (> = 0.4)
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
BugReports	https://github.com/fgcz/specL/issues
取决于我
进口我
建议我	msqc1,NestLink
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	specL_1.32.1.tar.gz
Windows二进制	specL_1.32.1.zip
macOS二进制(x86_64)	specL_1.32.1.tgz
macOS二进制(arm64)	specL_1.32.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/specL
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ specL
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/specL/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/specL/
包下载报告	下载数据