Singlecelltk

doi：10.18129/b9.bioc.singlecelltk

这是发展Singlecelltk的版本；对于稳定版本，请参阅Singlecelltk。

单细胞RNA-seq数据的全面互动分析

生物导体版本：开发（3.16）

SingleCelltk软件包中的单个单元工具包（SCTK）为导入，质量控制，分析和可视化单细胞RNA-seq数据的流行工具提供了一个接口。SCTK允许用户在分析工作流的不同阶段的各个软件包中无缝集成工具。一般的“单点”工作流程使用户能够访问多种方法以进行数据导入，一般QC指标的计算，DoubleT检测，环境RNA估计和去除，过滤，归一化，归一化，批处理校正或集成，尺寸降低，2-D嵌入，聚类，标记检测，差异表达，细胞类型标记，途径分析和数据导出。精选的工作流程可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行流线型质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或使用交互式闪亮的图形用户界面（GUI）来分析其数据。可以汇总并与RmarkDown生成的综合HTML报告总结并共享整个工作流程。可以在camplab.net/sctk上找到其他文档和小插图。

作者：Yichen Wang [AUT，CRE]，Irzam Sarfraz [AUT]，Rui Hong [Aut]，Yusuke Koga [AUT]，Salam Alabdullatif [aut]，David Jenkins [aut]，Vidya Akavoor [aut]，Xinyun Cao [aut]，Shruthi Bandyadka [aut]，Anastasia leshchyk [aut]，Tyler Faits [aut]，Mohammed Muzamil Khan [aut]，W。EvanJohnson [Aut]这是给予的，约书亚·戴维·坎贝尔[AUT]

维护者：yichen wang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ singlecelltk”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Singlecelltk”）

html	R脚本	1. Singlecelltk简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	结盟，，，，批处理效应，，，，聚类，，，，DataImport，，，，差异性，，，，GUI，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，正常化，，，，QualityControl，，，，Singlecell，，，，软件
版本	2.7.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4。5年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 4.0），总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，延迟，，，，生物酶
进口	猿，，，，Batchelor，，，，生物比较，，，，CellDex，，，，颜色，，，，色彩空间，，，，牛仔图，，，，簇，，，，复杂的图像，，，，Data.Table，，，，延迟的matrixstats，，，，deseq2，，，，dplyr，，，，DT，，，，实验室，，，，字段，，，，GGPLOT2，，，，ggplotify，，，，Ggrepel，，，，格特里，，，，栅格，，，，GSVA（> = 1.26.0），GSVADATA，，，，Igraph，，，，克恩斯门茶，，，，林玛，，，，桅杆，，，，矩阵，，，，矩阵， 方法，msigdbr，，，，多检验，，，，情节，，，，plyr，，，，rocr，，，，RTSNE，，，，S4VECTORS，，，，评分，，，，Scmerge（> = 1.2.0），斯克兰，，，，Seurat（> = 3.1.3），闪亮的，，，，Shinyjs，，，，辛格，，，，汤x，，，，SVA，，，，RESHAPE2，，，，Shinyalert，，，，循环，，，，富集，，，，塞尔达，，，，Shinycsssloaders，，，，液滴，，，，SCDS（> = 1.2.0），网状（> = 1.14），工具，tximport，，，，鱼池，，，，用，，，，gseabase，，，，r.utils，，，，Zinbwave，，，，scrnaseq（> = 2.0.2），tenxpbmcdata，，，，Yaml，，，，rmarkDown，，，，马格里特，，，，scdblfinder，，，，代码，，，，vam（> = 0.5.3），蒂布尔，，，，rlang，，，，TSCAN，，，，轨迹，，，，仿制药，，，，砍伐，utils，统计
链接
建议	测试，，，，rsubread，，，，生物使用，，，，尼特，，，，林特，，，，拼写，，，，org.mm.eg.db，，，，Stringr，，，，KableExtra，，，，有光泽的人，，，，丝绸，，，，Shinyjqui，，，，闪亮的widgets，，，，光泽，，，，生物基因，，，，rcolorbrewer，，，，快速图（> = 1.1.0）
系统要求
增强
URL	https://www.camplab.net/sctk/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singlecelltk/issues
取决于我
进口我
建议我	塞尔达
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	singlecelltk_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	singlecelltk_2.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singlecelltk
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/singlecelltk
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/singlecelltk/
软件包下载报告	下载统计