sincell

DOI:10.18129 / B9.bioc.sincell

R包用于从单细胞RNA-seq数据统计评估细胞状态层次结构

Bioconductor版本:发行版(3.16)

细胞分化过程是通过可能被单细胞RNA序列捕获的连续的分层中间细胞状态来实现的。现有的用于从单细胞数据评估细胞状态层次结构的计算方法可以在由i)评估细胞到细胞相似性的度量(与降维步骤结合或不结合)和ii)图构建算法(可选地使用细胞聚类步骤)组成的通用工作流下形式化。Sincell R包实现了一个方法论工具箱，允许在这样的框架下灵活的工作流。此外，Sincell贡献了新的算法来提供细胞状态层次结构的统计支持，同时考虑单细胞RNA序列中的随机因素。提供了图形表示和功能关联测试来解释层次结构。

作者:Miguel Julia ， Amalio Telenti ， Antonio Rausell < Antonio。Rausell在isb- sibling .ch>

维护者:Miguel Julia ， Antonio Rausell< Antonio。Rausell在isb- sibling .ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sincell”)

PDF	R脚本	从单细胞RNA-seq分析细胞状态层次
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，可视化
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.2)，igraph
进口	Rcpp(> = 0.11.2),熵，scatterplot3d，质量，茶匙，ggplot2，reshape2，字段，代理平行,Rtsne，fastICA，集群，statmod
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，biomaRt，stringr，单片眼镜
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/
全靠我
进口我	ctgGEM
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sincell_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	sincell_1.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	sincell_1.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	sincell_1.30.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sincell
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sincell
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sincell/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sincell/
软件包下载报告	下载数据