simpleSeg

DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSeg

执行简单细胞分割的包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

图像分割是在图像中识别单个物体(在这种情况下是单元格)边界的过程。这允许提取、存储和分析细胞的特征，如标记表达和形态。simpleSeg根据用户指定的蛋白质标记通道的强度，在R中对多路复用细胞图像提供用户友好的、基于分水岭的分割功能。simpleSeg还可以用于从多个图像中获得的单细胞数据的规范化。

作者:Nicolas Canete [aut]， Alexander Nicholls [aut]， Ellis Patrick [aut, cre]

维护者:Ellis Patrick < Ellis。Patrick在syney.edu.au>报道

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“simpleSeg”)

超文本标记语言	R脚本	simpleSeg简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，归一化，SingleCell，软件，生存
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	BiocParallel，EBImage，泰拉统计数据,spatstat.geom，S4VectorsgrDevices,SummarizedExperiment、方法、cytomapper
链接
建议	BiocStyle，testthat(> = 3.0.0),knitr，ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/SydneyBioX/simpleSeg
BugReports	https://github.com/SydneyBioX/simpleSeg/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	simpleSeg_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	simpleSeg_1.0.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	simpleSeg_1.0.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	simpleSeg_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSeg
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/simpleSeg
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/simpleSeg/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/simpleSeg/
软件包下载报告	下载数据