天窗
DOI:10.18129 / B9.bioc.scuttle
这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅天窗。
单细胞RNA-Seq分析工具
Bioconductor版本:3.16
提供基本的效用函数进行单细胞分析,关注简单的标准化、质量控制和数据转换。还提供了一些辅助功能,协助其他包的发展。
作者:亚伦Lun (aut (cre),戴维斯麦卡锡(aut)
维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“天窗”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“天窗”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“天窗”)
| HTML | R脚本 | 1。质量控制 |
| HTML | R脚本 | 2。归一化 |
| HTML | R脚本 | 3所示。其他功能 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组 |
| 版本 | 1.8.4 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | SingleCellExperiment |
| 进口 | 方法、跑龙套、统计、矩阵、RcppBiocGenerics,S4Vectors,BiocParallel,GenomicRanges,SummarizedExperiment,DelayedArray,DelayedMatrixStats,beachmat |
| 链接 | Rcpp,beachmat |
| 建议 | BiocStyleknitr,scRNAseqrmarkdown testthat,食物 |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | 嘘,食物 |
| 进口我 | 基础知识,BASiCStan,后面;,DropletUtils,火焰,imcRtools,米娅,mumosa,马斯喀特,scDblFinder,singleCellTK,spatialHeatmap,spatialLIBD,伶盗龙 |
| 建议我 | 咆哮,HCAData,miloR,MouseThymusAgeing,单,飞溅,TSCAN |
| 我的链接 | DropletUtils,食物 |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | scuttle_1.8.4.tar.gz |
| Windows二进制 | scuttle_1.8.4.zip |
| macOS二进制(x86_64) | scuttle_1.8.4.tgz |
| macOS二进制(arm64) | scuttle_1.8.4.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scuttle |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/天窗 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/scuttle/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scuttle/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
