食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅食物。

单细胞RNA-Seq数据分析的方法

Bioconductor版本:3.16

实现各种各样的功能解释单细胞RNA-seq数据。方法是提供转让细胞周期阶段,高度变量和显著相关基因的检测,识别标记基因,在常规单细胞分析工作流和其他常见的任务。

作者:亚伦Lun (aut (cre),卡斯滕巴赫(aut), Kim Jong Kyoung[所有],安东尼奥Scialdone(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“残渣”)

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文档

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browseVignettes(“残渣”)

HTML	R脚本	用食物来分析scRNA-seq数据
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.26.2
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment,天窗
进口	SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,BiocParallelRcpp统计数据,方法,跑龙套,矩阵,刨边机,limmaigraph statmod,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocSingular,咆哮,metapoddqrng,beachmat
链接	Rcpp,beachmat、黑洞、dqrng天窗
建议	testthat,BiocStyleknitr rmarkdown,HDF5Array,scRNAseqdynamicTreeCut,ResidualMatrix,ScaledMatrix,DESeq2,单片眼镜,Biobasepheatmap,嘘
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA。基本、OSCA.intro OSCA。multisample OSCA。工作流,SingleRBook
进口我	基础知识,BASiCStan,BayesSpace,BioTIP,celda,ChromSCape,CiteFuse,conclus,恐龙,火焰,IRISFGM,msImpute,mumosa,pipeComp,scDblFinder,scDD,scTreeViz,SingleCellSignalR,singleCellTK,猎犬,spatialHeatmap
建议我	APL,后面;,咆哮,CellTrails,clusterExperiment,命运,dittoSeq,ExperimentSubset,fcoex,ggspavis,Glimma,glmGamPoi,HCAData,iSEEu,miloR,Nebulosa,nnSVG,PCAtools,schex,司康饼,天窗,simpleSingleCell,SingleCellMultiModal,单,飞溅,关注的焦点,TabulaMurisData,tidySingleCellExperiment,transformGamPoi,TSCAN,伶盗龙,“航行者”号
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scran_1.26.2.tar.gz
Windows二进制	scran_1.26.2.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	scran_1.26.2.tgz
macOS二进制(arm64)	scran_1.26.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/残渣
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scran/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scran/
包下载报告	下载数据