评分

doi:10.18129/b9.bioc.scater

这是发展SCOTER的版本;对于稳定版本,请参阅评分

用于R中基因表达数据的单细胞分析工具包

生物导体版本:开发(3.16)

用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析的工具集合,重点是质量控制和可视化。

作者:戴维斯·麦卡锡(Davis McCarthy),基兰·坎贝尔(Kieran Campbell)[aut],Aaron Lun [AUT,CTB],Quin Wills [aut],Vladimir Kiselev [CTB],Felix G.M.Ernst [CTB],Alan O'Callaghan [CTB,CRE]

维护者:Alan O'Callaghan

引用(从r内,输入引用(“ spater”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ scater”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ scater”)

html R脚本 调查功能概述
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 覆盖范围,,,,DataImport,,,,datarepresentation,,,,维度,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,正常化,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学,,,,可视化
版本 1.25.2
在生物导体中 Bioc 3.3(R-3.3)(6年)
执照 GPL-3
要看 Singlecellexperiment,,,,砍伐,,,,GGPLOT2
进口 统计,utils,方法,网格,栅格,,,,矩阵,,,,生物基因,,,,S4VECTORS,,,,总结性特征,,,,延迟,,,,延迟的matrixstats,,,,beachmat,,,,生物脑,,,,生物兴奋,,,,生物比较,,,,rlang,,,,ggbeeswarm,,,,维里迪斯,,,,RTSNE,,,,rcolorbrewer,,,,rcppml,,,,UWOT,,,,pheatmap,,,,Ggrepel
链接
建议 生物使用,,,,Snifter,,,,牛仔图,,,,Biomart,,,,尼特,,,,scrnaseq,,,,鲁棒,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,生物酶
系统要求
增强
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
BugReports https://support.bioconductor.org/
取决于我 NetSmooth
进口我 AirPart,,,,BAYESSPACE,,,,催化剂,,,,塞尔达,,,,细胞体,,,,细胞混蛋,,,,染色体,,,,结论,,,,清楚的,,,,火焰,,,,Irisfgm,,,,米娅,,,,迈维兹,,,,马斯喀特,,,,佩科,,,,管道,,,,scdblfinder,,,,scpipe,,,,Sctreeviz,,,,Singlecelltk,,,,西班牙猎狗,,,,空间Heatmap,,,,空间Libd,,,,飞溅,,,,三轮车,,,,VAEXPRS
建议我 APL,,,,Batchelor,,,,Bluster,,,,窖藏,,,,蜂窝轨道,,,,CEPO,,,,Citefuse,,,,畜栏,,,,策划的元素元素,,,,Dittoseq,,,,DuoClustering2018,,,,实验值,,,,FCOEX,,,,ggspavis,,,,glimma,,,,HCADATA,,,,Interactivecomplexheatmap,,,,我明白,,,,iseehex,,,,iseeu,,,,M3Drop,,,,桅杆,,,,mbkmeans,,,,米洛,,,,miqc,,,,单片,,,,Mudata,,,,mumosa,,,,muscdata,,,,星云,,,,netdx,,,,SC3,,,,Scarray,,,,SCDS,,,,Schex,,,,Schot,,,,Scmerge,,,,烤饼,,,,SCP,,,,斯克兰,,,,屏幕,,,,Simplesinglecell,,,,Singlecellmultimodal,,,,辛格,,,,激流回旋,,,,聚光灯,,,,待机,,,,总结,,,,Tabulamurisdata,,,,tidysinglecellexperiment,,,,特拉维兹,,,,结核,,,,Ucell,,,,Velociraptor,,,,waddr
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 scater_1.25.2.2.tar.gz
Windows二进制 scater_1.25.2.2.zip
MacOS 10.13(高山脉) scater_1.25.2.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/scater
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/scater/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网