scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

用于单细胞多组数据预处理的管道

Bioconductor版本:发行版(3.16)

单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据的预处理管道,从fastq文件开始,并产生带有相关质量控制信息的特征计数矩阵。它可以处理由CEL-seq, MARS-seq, Drop-seq, Chromium 10x和SMART-seq协议生成的fastq数据。

作者:田鲁一[aut],苏Shian [aut, cre], Shalin Naik [ctb], Shani Amarasinghe [aut], Oliver Voogd [aut], Phil Yang [aut], Matthew Ritchie [ctb]

维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>

引文(从R内,输入引用(“scPipe”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scPipe”)

超文本标记语言 R脚本 scPipe:用于3'端scRNA-seq数据的灵活数据预处理管道
超文本标记语言 R脚本 scPipe:用于单单元数据的灵活的数据预处理管道
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文本 新闻

细节

biocViews DataImportGeneExpressionGenomeAnnotationImmunoOncology预处理质量控制RNASeqSequenceMatching测序SingleCell软件可视化
版本 1.20.4
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(5.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 4.2.0),SingleCellExperiment
进口 AnnotationDbi蛇怪BiocGenericsbiomaRtBiostringsdata.tabledplyrDropletUtilsflexmixGenomicRangesGenomicAlignmentsGGallyggplot2胶水(>= 1.3.0), grDevices,图形,哈希IRangesmagrittr质量矩阵(> = 1.5.0),mclust、方法、MultiAssayExperimentorg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dbpurrrRcpp(> = 0.11.3),重塑网状RhtslibrlangrobustbaseRsamtoolsRsubreadrtracklayerSummarizedExperimentS4Vectors尺度统计数据,stringr宠物猫tidyr,工具,utils
链接 RcppRhtslib(> = 1.13.1),zlibbioctestthat
建议 BiocStyleDTGenomicFeatures、网格igraphkableExtraknitrlocStra情节rmarkdownRColorBrewerreadrreshape2RANN闪亮的(> = 1.11.0),testthatxml2umap
SystemRequirements c++ 11, GNU制作
增强了
URL https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports https://github.com/LuyiTian/scPipe
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scPipe_1.20.4.tar.gz
Windows二进制 scPipe_1.20.2.zip
macOS二进制文件(x86_64) scPipe_1.20.4.tgz
macOS二进制文件(arm64) scPipe_1.20.4.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scPipe
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scPipe/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scPipe/
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