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scPipe
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DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe
用于单细胞多组数据预处理的管道
Bioconductor版本:发行版(3.16)
单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据的预处理管道，从fastq文件开始，并产生带有相关质量控制信息的特征计数矩阵。它可以处理由CEL-seq, MARS-seq, Drop-seq, Chromium 10x和SMART-seq协议生成的fastq数据。
作者:田鲁一[aut]，苏Shian [aut, cre]， Shalin Naik [ctb]， Shani Amarasinghe [aut]， Oliver Voogd [aut]， Phil Yang [aut]， Matthew Ritchie [ctb]
维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>
引文(从R内，输入引用(“scPipe”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scPipe”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | scPipe:用于3'端scRNA-seq数据的灵活数据预处理管道 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | scPipe:用于单单元数据的灵活的数据预处理管道 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataImport，GeneExpression，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，SequenceMatching，测序，SingleCell，软件，可视化 |
| 版本 | 1.20.4 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5.5年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R (>= 4.2.0)，SingleCellExperiment |
| 进口 | AnnotationDbi，蛇怪，BiocGenerics，biomaRt，Biostrings，data.table，dplyr，DropletUtils，flexmix，GenomicRanges，GenomicAlignments，GGally，ggplot2，胶水(>= 1.3.0)， grDevices，图形，哈希，IRanges，magrittr，质量，矩阵(> = 1.5.0),mclust、方法、MultiAssayExperiment，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，purrr，Rcpp(> = 0.11.3),重塑，网状，Rhtslib，rlang，robustbase，Rsamtools，Rsubread，rtracklayer，SummarizedExperiment，S4Vectors，尺度统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，工具，utils |
| 链接 | Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc，testthat |
| 建议 | BiocStyle，DT，GenomicFeatures、网格igraph，kableExtra，knitr，locStra，情节，rmarkdown，RColorBrewer，readr，reshape2，RANN，闪亮的，嘘(> = 1.11.0),testthat，xml2，umap |
| SystemRequirements | c++ 11, GNU制作 |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/LuyiTian/scPipe |
| BugReports | https://github.com/LuyiTian/scPipe |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scPipe_1.20.4.tar.gz |
| Windows二进制 | scPipe_1.20.2.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | scPipe_1.20.4.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | scPipe_1.20.4.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scPipe |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/scPipe/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scPipe/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
| BioC 3.16的旧源包 | 源存档 |
