scDblFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDblFinder

scDblFinder

Bioconductor版本:发行版(3.16)

scDblFinder包收集了用于检测和处理单细胞测序数据(即在同一液滴或反应体积内捕获的多个细胞)中的双联体/多联体的各种方法。它包括以前在scran包中找到的方法,新的快速和全面的scDblFinder方法,以及用于单细胞ATAC-seq的Amulet检测方法的重新实现。

作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut],艾伦·伦[ctb]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>

引文(从R内,输入引用(“scDblFinder”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scDblFinder”)

超文本标记语言 R脚本 1 _introduction
超文本标记语言 R脚本 2 _scdblfinder
超文本标记语言 R脚本 3 _finddoubletclusters
超文本标记语言 R脚本 4 _computedoubletdensity
超文本标记语言 R脚本 5 _recoverdoublets
超文本标记语言 R脚本 6 _scatac
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ATACSeq预处理RNASeqSingleCell软件
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(3.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 4.0),SingleCellExperiment
进口 igraph矩阵BiocGenericsBiocParallelBiocNeighborsBiocSingularS4VectorsSummarizedExperiment食物天窗咆哮、方法、DelayedArrayxgboost,统计,utils,质量IRangesGenomicRangesGenomeInfoDbRsamtoolsrtracklayer
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatscRNAseqcirclizeComplexHeatmapggplot2dplyrviridisLitembkmeans
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/plger/scDblFinder
BugReports https://github.com/plger/scDblFinder/issues
全靠我 OSCA.advanced
进口我 singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scDblFinder_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 scDblFinder_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) scDblFinder_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) scDblFinder_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDblFinder
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDblFinder
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/scDblFinder/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scDblFinder/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网