scDblFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.scDblFinder

scDblFinder

Bioconductor版本:发行版(3.16)

scDblFinder包收集了用于检测和处理单细胞测序数据(即在同一液滴或反应体积内捕获的多个细胞)中的双联体/多联体的各种方法。它包括以前在scran包中找到的方法，新的快速和全面的scDblFinder方法，以及用于单细胞ATAC-seq的Amulet检测方法的重新实现。

作者:Pierre-Luc Germain [cre, aut]，艾伦·伦[ctb]

维护者:Pierre-Luc Germain < Pierre-Luc。日耳曼在hest.ethz.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scDblFinder”)

超文本标记语言	R脚本	1 _introduction
超文本标记语言	R脚本	2 _scdblfinder
超文本标记语言	R脚本	3 _finddoubletclusters
超文本标记语言	R脚本	4 _computedoubletdensity
超文本标记语言	R脚本	5 _recoverdoublets
超文本标记语言	R脚本	6 _scatac
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，预处理，RNASeq，SingleCell，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，SingleCellExperiment
进口	igraph，矩阵，BiocGenerics，BiocParallel，BiocNeighbors，BiocSingular，S4Vectors，SummarizedExperiment，食物，嘘，天窗，咆哮、方法、DelayedArray，xgboost，统计，utils，质量，IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，Rsamtools，rtracklayer
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，scRNAseq，circlize，ComplexHeatmap，ggplot2，dplyr，viridisLite，mbkmeans
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/plger/scDblFinder
BugReports	https://github.com/plger/scDblFinder/issues
全靠我	OSCA.advanced
进口我	singleCellTK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scDblFinder_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	scDblFinder_1.12.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	scDblFinder_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	scDblFinder_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scDblFinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scDblFinder
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scDblFinder/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scDblFinder/
软件包下载报告	下载数据