rCGH

DOI:10.18129 / B9.bioc.rCGH

综合管道分析和可视化制成的全息数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

综合管道分析和交互式可视化基因通过商业或自定义概要文件生成aCGH数组。作为输入,rCGH支持安捷伦既特征提取文件(. txt),从44到400 k, Affymetrix SNP6.0和cytoScanHD probeset。txt, cychp。txt和cnchp。txt文件从底盘或Affymetrix出口电动工具。rCGH还支持自定义数组,符合预期的格式提供数据。这个包接管个人基因组资料分析所需的所有步骤,从阅读文件概要文件分割和基因注释。这个包还提供了几个可视化函数(静态或互动),促进个人资料解释。输入文件可以在压缩格式,例如bz2或. gz和。

作者:弗雷德里克通讯器(aut (cre)

维修工:弗雷德里克通讯器< fredcommo gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rCGH”)

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文档

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PDF	R脚本	使用rCGH的包
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,FeatureExtraction,预处理,软件,aCGH
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,属性,跑龙套,图形
进口	plyr,DNAcopy,晶格,ggplot2、网格闪亮的(> = 0.11.1),limma,affy,mclust,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Hs.eg.db,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,GenomicRanges,AnnotationDbi平行,IRangesgrDevices,aCGH
链接
建议	BiocStyle,knitr,BiocGenerics,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fredcommo/rCGH
取决于我
进口我	preciseTAD
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rCGH_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	rCGH_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64)	rCGH_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	rCGH_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rCGH
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rCGH
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rCGH/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rCGH/
包下载报告	下载数据