protGear

DOI:10.18129 / B9.bioc.protGear

这是发展protGear版本;稳定的发布版本,请参阅protGear。

蛋白质微阵列数据管理和交互式可视化

Bioconductor版本:发展(3.16)

一个通用的三步蛋白质微阵列数据的预处理方案。这个包包含不同的数据预处理过程,允许比较他们的性能。这些步骤背景校正,变异系数(CV)过滤,批校正和标准化。

作者:肯尼迪总统姆瓦伊•(cre, aut),詹姆斯Mburu (aut),杰奎琳Waeni(施)

维护人员:肯尼迪总统姆瓦伊•< keniajin gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“protGear”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“protGear”)

HTML	R脚本	protGear
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,贝叶斯,BiomedicalInformatics,聚类,ImmunoOncology,微阵列,归一化,OneChannel,预处理,蛋白质组学,回归,软件,SystemsBiology
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2),dplyr(> = 0.8.0),limma(> = 3.40.2),vsn(> = 3.54.0)
进口	magrittr(> = 1.5),数据(> = 3.6),ggplot2(> = 3.3.0),tidyr(> = 1.1.3),data.table(> = 1.14.0),ggpubr(> = 0.4.0),gtools(> = 3.8.2),宠物猫(> = 3.1.0),rmarkdown(> = 2.9),knitr(> = 1.33),跑龙套(> = 3.6),genefilter(> = 1.74.0),readr(> = 2.0.1),Biobase(> = 2.52.0),plyr(> = 1.8.6),肯德尔(> = 2.2),闪亮的(> = 1.0.0),purrr(> = 0.3.4),情节(> = 4.9.0),质量(> = 7.3),htmltools(> = 0.4.0),flexdashboard(> = 0.5.2),shinydashboard(> =是0.7.1),kableExtra(> = 1.3.4),GGally(> = 2.1.2)pheatmap(> = 1.0.12)、网格(> =以下4.4.1),斯泰勒(> = 1.6.1),factoextra(> = 1.0.7),FactoMineR(> = 2.4),rlang(> = 0.4.11),遥控器(> =测试盒框)
链接
建议	gridExtra(> = 2.3),png(0.1 > = 7),魔法(> = 2.7.3),ggplotify(> = 0.1.0),尺度(> = 1.1.1),shinythemes(> = 1.2.0),shinyjs(> = 2.0.0),shinyWidgets(> = 0.6.2),shinycssloaders(> = 1.0.0),shinyalert(> = 3.0.0),shinyFiles(> = 0.9.1),shinyFeedback(> = 0.3.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Keniajin/protGear
BugReports	https://github.com/Keniajin/protGear/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	protGear_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	protGear_1.1.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	protGear_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/protGear
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ protGear
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/protGear/
包下载报告	下载数据