pcaExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaExplorer

这是发展pcaExplorer版本;稳定的发布版本,请参阅pcaExplorer。

交互式的可视化RNA-seq数据使用一个主成分的方法

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包提供了交互式的可视化功能RNA-seq基于主成分分析的数据集。提供的方法允许快速信息提取和有效的数据探索。一个闪亮的应用程序封装整个分析。

作者:费德里科•马里尼(aut (cre)

维护人员:费德里科•马里尼< marinif在uni-mainz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“pcaExplorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pcaExplorer”)

HTML	R脚本	pcaExplorer用户指南
HTML	R脚本	与pcaExplorer启动并运行
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DimensionReduction,GUI,ImmunoOncology,PrincipalComponent,质量控制,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化
版本	2.23.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	DESeq2,SummarizedExperiment,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,genefilter,ggplot2(> = 2.0.0),的热图,情节,尺度,NMF,plyr,topGO,limma,GOstats,GO.db,AnnotationDbi,闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboard,shinyBS,ggrepel,DT,shinyAce,threejs,biomaRt,pheatmap,knitr,rmarkdown,base64enc,tidyr、grDevices、方法
链接
建议	testthat,BiocStyle,气道,org.Hs.eg.db,htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/federicomarini/pcaExplorerhttps://federicomarini.github.io/pcaExplorer/
BugReports	https://github.com/federicomarini/pcaExplorer/issues
取决于我
进口我	理想的
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pcaExplorer_2.23.0.tar.gz
Windows二进制	pcaExplorer_2.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pcaExplorer_2.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pcaExplorer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pcaExplorer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pcaExplorer/
包下载报告	下载数据