这个包是3.16版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅openPrimeR。
Bioconductor版本:3.16
设计的实现方法,评估和比较多元PCR引物组。引物设计等解决一组覆盖问题,覆盖模板序列的数量最大化最小的一组引物。只保证生成高质量的引物,引物满足限制他们的选择物理化学性质。一个闪亮的应用提供一个用户界面的功能包提供的“openPrimeRui”包。
作者:马提亚多尔(aut (cre),尼科Pfeifer (aut)
维护人员:马提亚多尔< matthias-doering在gmx.de >
从内部引用(R,回车引用(“openPrimeR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“openPrimeR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“openPrimeR”)
HTML | R脚本 | openPrimeR |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 报道,MultipleComparison,软件,技术 |
版本 | 1.20.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(5.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 4.0.0) |
进口 | Biostrings(> = 2.38.4),XML(> = 3.98 - -1.4),天平(> = 0.4.0)reshape2 (> = 1.4.1) seqinr (3.3 > = 3),IRanges(> = 2.4.8),GenomicRanges(> = 1.22.4)ggplot2(> =魅惑,plyr (> = 1.8.4) dplyr (> = 0.5.0) stringdist (> = 0.9.4.1) stringr (> = 1.0.0) RColorBrewer (> = 1.1 - 2),解读(> = 1.16.1)lpSolveAPI(> = 5.5.2.0-17),消化(> = 0.6.9),Hmisc(> = 3.17 4),猿(> = 3.5),BiocGenerics(> = 0.16.1),S4Vectors(0.8.11 > =外观),foreach (> = 3), magrittr(> = 1.5),分配(> = 2.6),distrEx (> = 2.6), fitdistrplus (1.0 > = 7), uniqtag (> = 1.0), openxlsx(> = 4.0.17),网格(> = 3.1.0),grDevices(> = 3.1.0),数据(> = 3.1.0)utils(> = 3.1.0)、方法(> = 3.1.0) |
链接 | |
建议 | testthat (> = 1.0.2) knitr (> = 1.13), rmarkdown (> = 1.0), devtools (> = 1.12.0) doParallel(> = 1.0.10),迎合(> = 0.6.0)learnr (> = 0.9) |
SystemRequirements | MAFFT (> = 7.305), OligoArrayAux (> = 3.8), ViennaRNA(> = 2.4.1),融化(> = 5.1.1),Pandoc (> = 1.12.3) |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | openPrimeRui |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | openPrimeR_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | openPrimeR_1.20.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | openPrimeR_1.20.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | openPrimeR_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/openPrimeR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ openPrimeR |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/openPrimeR/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/openPrimeR/ |
包下载报告 | 下载数据 |