multiClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiClust

multiClust: R-package识别生物相关的集群在癌症转录组配置文件

Bioconductor版本:版本(3.16)

聚类识别模式进行转录组配置文件来确定病人的临床相关的子组。特性(基因)选择是一个关键的和过程的一个组成部分。目前,有许多特征选择和聚类方法来确定样本的相关基因并执行聚类。然而,选择一个合适的方法是很困难的。此外,广泛的特征选择方法尚未支持的可用包。因此,我们开发了一个综合R-package叫multiClust允许研究人员试验相结合的方法的选择基因选择和集群轻松。使用multiClust,我们确定表现最佳的聚类方法在临床结果。我们的观察表明,简单的方法如variance-based排名表现良好在大多数数据集,提供适当数量的基因被选中。然而,不同的基因排序和选择方法仍然没有方法适用于所有相关研究。

作者:内森软件(aut (cre) Peiyong关(aut),亚历克Fabbri (aut) Krish Karuturi (aut) Joshy乔治(aut)

维护人员:内森Lawlor <内森。在gmail.com lawlor03 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiClust”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	multiClust指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,FeatureExtraction,GeneExpression,软件,生存
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	mclust,ctc,生存,集群,dendextend,北极监测和评估方案、图形grDevices
链接
建议	knitr,rmarkdown,gplots,RUnit,BiocGenerics,preprocessCore,Biobase,GEOquery
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	multiClust_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	multiClust_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64)	multiClust_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	multiClust_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiClust
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiClust
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/multiClust/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/multiClust/
包下载报告	下载数据