mslp

DOI:10.18129 / B9.bioc.mslp

预测肿瘤突变的合成致死伙伴

Bioconductor版本:发行版(3.16)

基于基因表达、突变分析和细胞系遗传筛选数据，预测肿瘤突变的潜在合成致命性伙伴(SLPs)的集成管道。它内置了对cBioPortal数据的支持。分别采用随机森林方法(GENIE3)和Rank乘积预测与WT突变相关和补偿突变功能损失的主要SLPs。遗传筛选用于确定一致的SLPs导致细胞活力降低时，扰动。

作者:邵春轩[aut, cre]

维护者:邵春璇< outlook.com>春璇

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mslp”)

超文本标记语言	R脚本	mslp
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	遗传药理学，药物基因组学，软件
版本	1.0.1
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)，data.table(> = 1.13.0)
进口	doRNG，fmsb，foreach，magrittr，org.Hs.eg.db，pROC，randomForest，RankProd，统计，效用
链接
建议	doFuture，未来，knitr，rmarkdown，roxygen2，tinytest
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	mslp_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	mslp_1.0.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	mslp_1.0.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	mslp_1.0.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mslp
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mslp
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mslp/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mslp/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档