motifbreakR

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifbreakR

包的破裂性预测转录因子结合位点单核苷酸多态性

Bioconductor版本:版本(3.16)

介绍motifbreakR,使得生物学家首先判断是否周围的序列多态性是很好的搭配,其次多少信息是获得或丢失在一个相对于另一个等位基因的多态性。MotifbreakR既灵活和可扩展先前的产品;给予一个选择算法的审讯的基因组从公共资源,用户可以选择图案;这些是1)加权和的概率矩阵,2)log-probabilities, 3)加权的相对熵。MotifbreakR可以预测影响小说或前所述变体在公共数据库,使其适合任务超出了原设计的范围。最后,它可以用来询问任何基因组内策划Bioconductor(目前有32种,共计109版本)。

作者:西蒙·哥特Coetzee (aut (cre),丹尼斯·j·Hazelett (aut)

维护人员:西蒙·哥特Coetzee <西蒙。coetzee cshs.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“motifbreakR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	motifbreakR:介绍
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,MotifAnnotation,软件,转录,可视化
版本	2.12.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 4.1.0)、网格MotifDb
进口	方法、grDevicesstringr平行,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,Biostrings,BSgenome,rtracklayer,VariantAnnotation,BiocParallel,motifStack,Gviz,matrixStats,TFMPvalue,SummarizedExperiment
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP。20120608,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37,knitr,rmarkdown,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Simon-Coetzee/motifbreakR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	motifbreakR_2.12.0.tar.gz
Windows二进制	motifbreakR_2.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	motifbreakR_2.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	motifbreakR_2.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifbreakR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ motifbreakR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/motifbreakR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifbreakR/
包下载报告	下载数据