miaViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.miaViz

微生物分析策划和可视化

Bioconductor版本:版本(3.16)

miaViz包实现绘图功能处理TreeSummarizedExperiment和相关对象的上下文微生物分析。这包括策划树、图和微生物系列数据。包是整体miaverse框架的一部分。

作者:Felix通用恩斯特(aut),图博尔曼(aut (cre)Leo拉赫蒂(aut)

维护人员:图博尔曼< tuomas.v。博尔曼在utu.fi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“miaViz”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“miaViz”)

HTML	R脚本	miaViz
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	微生物组,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0 |文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment,TreeSummarizedExperiment,米娅(> = 0.99),ggplot2,ggraph(> = 2.0)
进口	方法、统计数据S4Vectors,BiocGenerics,BiocParallel,DelayedArray,嘘,ggtree,ggnewscale,冬青,宠物猫,tidytree,tidygraph,rlang,purrr,tidyr,dplyr,猿,DirichletMultinomial
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat,拼接而成,microbiomeDataSets
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	miaViz_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	miaViz_1.6.0.zip
macOS二进制(x86_64)	miaViz_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	miaViz_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miaViz
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ miaViz
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/miaViz/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/miaViz/
包下载报告	下载数据