甲基菌

doi:10.18129/b9.bioc.methylumi

这是发展甲基的版本;对于稳定版本,请参阅甲基菌

处理Illumina甲基化数据

生物导体版本:开发(3.16)

该软件包提供了用于保存和操纵Illumina甲基化数据的类。基于ESET,它可以包含迈阿密信息,示例信息,功能信息和多个数据矩阵。“智能”导入功能,甲基瘤可以读取Illumina文本文件并创建甲基截相。甲基瘤可以直接读取人甲基化27和人甲基化450微阵列中的原始IDAT文件。还包括了黄金酸盐,无fin和Infinium HD阵列的归一化,背景校正和质量控制功能。

作者:Sean Davis,Pan Du,Sven Bilke,Tim Triche,Jr。,Moiz Bootwalla

维护者:sean davis

引用(从r内,输入引用(“甲基菌”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version(version ='devel')biocmanager :: install(“甲基umi”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“甲基木”)

PDF R脚本 甲基包装的介绍
PDF R脚本 使用Illumina 450k阵列使用甲基
PDF 参考手册
文本 读书我

细节

生物浏览 CPGISLAND,,,,DNAMETHYLATY,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件,,,,两通道
版本 2.43.0
在生物导体中 Bioc 2.5(R-2.10)(13年)
执照 GPL-2
要看 生物酶,方法,r(> = 2.13),,,,,RESHAPE2,,,,GGPLOT2,,,,矩阵,,,,FDB.Infinium -Methylation.hg19(> = 2.2.0),Minfi
进口 生物基因,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,总结性特征,,,,生物酶,图形,格子,,,,注释,,,,GeneFilter,,,,AnnotationDbi,,,,Minfi,stats4,Illuminaio,,,,GenomicFeatures
链接
建议 Lumi,,,,格子,,,,林玛,,,,Xtable,,,,SQN,,,,大量的,,,,矩阵, 平行,rtracklayer,,,,生物弦,,,,tcgamethylation450k,,,,Illuminahumanmethylation450Kanno.ILMN12.HG19,,,,FDB.Infinium -Methylation.hg18(> = 2.2.0),同性恋,,,,尼特
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new
取决于我 Bigmelon,,,,rnbeads,,,,skewr,,,,西瓜
进口我 FFPE,,,,Lumi,,,,甲基小姐
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 甲基菌_2.43.0.tar.gz
Windows二进制 甲基菌_2.43.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) 甲基菌_2.43.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/甲基菌
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/
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